Mae Comisiwn Elusennau Cymru a Lloegr yn Adran Anweinidogol o'r Llywodraeth ac yn rhan o'r Gwasanaeth Sifil. Mae'r Comisiwn yn hollol annibynnol ar ddylanwad Gweinidogol a hefyd yn annibynnol ar y sector y mae'n ei reoleiddio. Mae nifer o swyddogaethau lled-farnwrol ganddo lle mae'n defnyddio pwerau tebyg i rai'r Uchel Lys.

Mae'n rhaid i'r Comisiwn adrodd ar ei berfformiad i'r Senedd bob blwyddyn. Mae ein Fframwaith Llywodraethu yn esbonio sut rydym yn gweithio i gyflawni ein gweledigaeth, ein cenhadaeth a'n gwerthoedd ac aros yn annibynnol yr un pryd. Hefyd mae'n esbonio beth mae Aelodau'r Comisiwn yn ei wneud i sicrhau nad yw'r modd y maent yn cyflawni eu dyletswyddau cyhoeddus (neu heb fod yn eu cyflawni) yn cael eu dylanwadu gan eu buddiannau preifat.